सम्मेलनपछि भरतकेशर सिंह निर्विरोध अध्यक्ष भए, ०५९ फागुन ३ गते । वरिष्ठ उपाध्यक्षमा सेवानिवृत्त कर्णेल हेमबहादुर कार्की नियुक्त गरिए, जो राष्ट्रियसभामा राजाबाट मनोनीत पूर्वसांसद पनि हुन् । महासचिव थीरबाबु घिमिरे भए । नयाँ नेतृत्वले विधानविपरीत काम नगरेको भन्दै पोखरेलसँग स्पष्टीकरण माग्यो । यसैबेला जर्मनीमा बस्ने मकवानपुरका एक कार्कीकी श्रीमती सरु सुवेदीसँग पण्डितको सम्बन्धको कुरा पत्रपत्रिकामार्फत सार्वजनिक भयो, जुन मुद्दा हाल अदालतमा विचाराधीन छ । सरु भने आफू पण्डितको श्रीमती भएको दाबी गर्दै अहिले पशुपतिमा किरिया बसेकी छन् । नाताले सरु थीरबाबुकी मामाकी छोरी हुन् ।
शक्तिशालीहरूबाट सताइएपछि नारायणप्रसाद पोखरेल, बलराम थापा, जयप्रकाश, रेवतीरमण खनाललगायतले असोज १२ गते नै विश्वहिन्दू महासङ्घ, राष्ट्रिय समिति दर्ता गरिसकेका थिए । भरतकेशर सिंहले त्यसविरुद्ध कदम चाले । र, उनले तीन दिनपछि नै गृहसचिवलाई लेखेको पत्रमा भनिएको छ, "...विधान र नियमविपरीत काम गरेको, आर्थिक हिनामिना भएको..., अनुशासनहीन, अमर्यादित र गैरजिम्म्ेवारीपूर्ण काम गर्दै रहेको र निजको चरित्रसम्बन्धी सूचनाले यस संस्थालाई बदनाम गर्ने र महासङ्घप्रति नकारात्मक धारणको विकास गरेकाले... नारायणप्रसाद पोखरेललाई पदबाट हटाई निजको अध्यक्षतामा गठित समिति भङ्ग गरेको छु ।" संयोग के छ भने त्यसबेला पोखरेलमाथि जे-जस्ता चारित्रिक आरोप लागेको थियो, हत्याको जिम्मेवारी लिँदै 'माओवादीका अनुप' ले टेलिफोनबाट लगाएको आरोप पनि त्यससँगै मिल्दोजुल्दो छ ।
१२ गते दर्ता गरेको प्रमाणपत्र बुझेको भनेर सही गराइसकेपछि काठमाडौँका तत्कालीन प्रमुख जिल्ला अधिकारी वामनप्रसाद न्यौपानेले "प्रमाणपत्र पाऊँ त हजुर" भन्दै फिर्ता लगे । "ठूलो आपत पर्?यो, दिन मिल्दैन भन्दै," न्यौपानेले दिएनन् । थापा सम्झन्छन्, "बलरामजी, तपाईं जस्तो मान्छे त्यता बस्न मिल्दैन भनेर गृहसचिव अनन्तराम पाण्डे स्वयम्ले फोन गरे ।" अख्तियार दुरूपयोग अनुसन्धान आयोगको सहयोगमा एक महिना लगाएर सो प्रमाणपत्र लिन सफल भएका थिए ।
आफ्नै नेतृत्वमा विश्व हिन्दू महासङ्घ दर्ता गरेपछि आरोपसहित हटाइएको भनिएका पोखरेलको लोकपि्रयता घट्नुको सट्टा अझै बढ्यो । उनी यति व्यस्त र लोकपि्रय पुराणवाचक भए कि जहाँ जान्थे, हजारौँ स्रोता जम्मा हुन्थे । लाखौँ रुपियाँ जम्मा हुन्थ्यो । अहिले देशभरि उनले पुराण भनेर जम्मा गरिदिएको कोषबाट बाटोघाटो, खानेपानी, स्कुल-कलेज र मन्दिरहरू कति बनेर सञ्चालन भइरहेका छन् भने कयौँ निर्माणाधीन छन् ।
विशेषतः भारतीय स्वार्थअनुसार चल्ने 'धार्मिक अतिवादी' र हिन्दू राजा सक्रिय हुनुपर्छ, संवैधानिक हैन भन्नेहरूको निम्ति ठूलो चुनौती बनेका थिए, पोखरेल । हिन्दू धर्मलाई अतिवादी ढर्राबाट मुक्त गरेर समसामयिक समतामूलक समाजको निर्माण गर्ने बताउने पोखरेलले नेपाल सँग भनेका थिए, "संवैधानिक राजतन्त्र, प्रजातन्त्र, आध्यात्मिक चिन्तनबाट भौतिक विकास हाम्रो लक्ष्य हो । हिन्दूहरूबीच भाइचारा बढाए पनि राष्ट्रियताको मामिलामा हामी सचेत छौँ ।"